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苹果手机清理手机短信的方法有多种，以下是几种常用的方式。
1、手动删除：
在短信应用内长按任意一个短信对话或短信内容，会出现“删除”选项，可以选择删除单个或多个短信，如果想要批量删除短信，可以在短信应用内的“最近项目”或“所有短信”选项卡中，选择需要删除的短信，然后点击“删除”按钮即可。
2、通过设置应用删除：
进入手机的“设置”应用，点击“信息”，然后点击“保留信息”，在这个界面可以选择保留信息的时长，例如30天或永久，选择时间后，系统会自动删除超过这个时间段的短信，一旦删除，这些短信将无法恢复。
3、使用iCloud备份恢复并删除：
先将iPhone的iCloud备份打开，然后恢复到一个较早的备份状态，这样备份之后的新短信都会被删除，具体操作是进入手机的“设置”应用，点击“通用”，然后选择“还原”，再选择“从iCloud备份恢复”，这个方法会删除所有备份之后的短信，请谨慎操作。
4、使用第三方软件清理：
可以下载并安装一些第三方软件来清理手机短信，这些软件通常具有批量删除、按时间删除或按关键字搜索删除等功能，使用前请确保软件来源可靠并符合苹果的使用规范。
5、手动导出重要短信后删除：
如果担心误删重要短信，可以先手动导出重要短信进行备份，然后再进行批量删除，导出方式可以通过电脑同步软件或第三方工具实现。
无论使用哪种方法，务必谨慎操作，避免误删重要信息，定期清理不重要的短信可以释放手机存储空间并保持手机运行流畅。